Die frage war ja, dass man aus den selben Sources / aus der selben Version mehrere Kernel backt. In dem Fall würde der "make modules_install" die Module abgleichen und die aktuell nicht konfigurierte löschen. Der Ausweg ist über die LOCALVERSION. Dann sind die Module unter /lib/modules/KERNEL-VERSIONlocalversion/ und damit wird nichts überschrieben/gelöscht, wenn die "localversion" unterschiedlich ist.
Bedenke: du kannst jederzeit von *irgendwoher* einen Treiber da reinstellen.
make modules_install installiert und löscht nur im /lib/modules/KERNEL-VERSION/kernel. Die anderen externen Module werden daher woanders installiert, zB: /lib/modules/VERSION/misc/ (vmware) oder /lib/modules/VERSION/video (nvidia).